해양수산부장관은 불법어업 등의 예방·관리를 위한 기본계획을 5년마다 세우고 매년 시행계획을 수립·시행하며, 시·도지사도 기본계획에 따라 관할 지역 시행계획을 매년 수립·시행한다.
연근해어업자와 어획물운반업자는 항행하거나 조업할 때 기준에 맞는 어선위치발신장치를 작동시켜 어선 위치를 실시간으로 확인할 수 있게 해야 한다.
연근해어업자는 조업일마다 조업시간·조업횟수·어종별 어획량 등 어획실적을 해양수산부장관에게 보고하고, 수산물을 어획물운반선에 옮겨 실은 경우 전재일시와 어종별 전재량 등 전재실적도 보고한다.
어획물운반업자는 수산물을 전재받기 전 출항 전까지 전재계획서를 제출하고, 전재받은 뒤 전재일시와 어종별 전재량 등 전재실적을 보고한다.
해양수산부장관이나 시·도지사는 수산물을 육상으로 옮길 양륙장소를 지정할 수 있고, 지정된 양륙장소 외 양륙은 원칙적으로 금지되며, 연근해어업자는 양륙장소와 어종별 총어획량 등 양륙실적을 보고해야 한다.
해양수산부장관은 위치발신장치 작동과 어획·전재·양륙 실적 보고 등을 이행한 연근해어업자에게 어획확인서를 발급하고, 수산물 양도 시 이를 함께 전달하도록 하며, 수출입 관련 어획증명서와 통합관리시스템 근거도 마련한다.