국토교통부장관이 관계 지방자치단체 의견 청취 등을 거쳐 5년마다 국제물류진흥지역기본계획을 수립한다.
시·도지사가 주민 의견을 듣고 개발계획을 작성해 제출하면, 국토교통부장관은 시·도지사 요청과 국제물류진흥위원회 심의·의결을 거쳐 국제물류진흥지역을 지정한다.
시·도지사는 국토교통부장관 또는 관계 부처 장과 협의해 개발사업시행자를 지정하고, 시행자는 실시계획을 작성해 시·도지사 승인을 받아야 한다.
국가와 지방자치단체는 국제물류진흥지역 개발사업시행자에게 관련 법률에 따라 조세, 부담금, 사용료, 점용료 등을 감면하거나 부과하지 않을 수 있다.
국가와 지방자치단체는 국제물류진흥지역 입주기업에 대해 관련 법률에 따라 조세 감면, 부지 조성 및 기업·투자 유치 시설 자금, 도로·용수 등 기반시설 설치 비용을 지원할 수 있다.
국제물류진흥지역에서 물류사업 등을 하려는 자는 국토교통부장관에게 규제확인을 요청할 수 있고, 법령상 허가 등을 받기 어려운 경우 임시허가 신청 요청을 할 수 있다.