국가와 도는 특례시의 지방자치 보장과 지역 역량 강화를 위한 조치와 지원방안을 마련하고, 특례시는 국가와 소속 도의 정책 수립·시행에 협력해야 한다.
행정안전부장관은 특례시의 실질적 지방자치 실현을 위해 5년마다 기본계획을 세우고 매년 시행계획을 세운다.
국무총리 소속으로 특례시 지원위원회를 두어 특례시의 원활한 운영과 지방분권, 지역 경쟁력 제고를 지원하게 한다.
특례시가 처리할 수 있는 사무를 법에 규정한다.
행정안전부장관은 특례시의 행정·재정 운영과 국가 지도·감독 특례가 도와 인근 지역에 미치는 영향을 평가하고, 상생발전 방안 마련에 그 결과를 반영하게 한다.
중앙행정기관은 특례시 관할구역의 지역개발을 위해 행정·재정상 특별지원을 할 수 있고, 국가는 이양·위임 사무 수행 비용을 국가균형발전특별회계의 별도 계정으로 지원할 수 있다.