2020년 「민간임대주택에 관한 특별법」개정에 따라 아파트에 대한 매입임대(장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택) 제도가 폐지됨에 따라 의무임대기간이 경과한 후 등록말소되는 주택에 대해 다주택자 양도소득세 중과배제 및 장기보유특별공제 우대(8년 등록임대 시 100분의 50)를 영구히 적용하는 것이 과도한 혜택이라는 지적이 있었음. 2026년 10월 1일 「소득세법 시행령」 및 「법인세법 시행령」개정에 따라 조정대상지역 내 매입임대아파트를 2027년 12월 31일까지 양도하는 경우 다주택자 양도소득세 중과배제 및 법인세 추가 과세 배제가 적용되며, 2028년 1월 1일 이후 양도하는 경우 다주택자 양도소득세 중과 및 법인세 추가 과세가 적용됨. 이에 따른 급격한 세 부담 변동을 완화하기 위해 2028년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 양도분에 대해서는 다주택자 양도소득세 중과 및 법인세 추가 과세 세율을 경감하여 적용할 필요가 있음. 아울러 조정대상지역 내 매입임대아파트를 공공부문에서 매입하여 안정적인 임대주택으로 활용할 수 있도록 조정대상지역 내 매입임대아파트의 양도에 대해 양도소득세 혜택을 부여할 필요가 있음. 이에 조정대상지역 내 매입임대아파트를 2028년 1월 1일부터 12월 31일까지 양도하는 경우에는 「소득세법」에 따른 다주택자 중과세율 및 법인에 대한 추가과세 세율을 경감하여 적용(개인인 2주택자는 10퍼센트포인트, 3주택 이상자는 15퍼센트포인트, 법인의 경우 10퍼센트)하되, 해당 주택에 대한 장기거주 소득공제율을 100분의 30으로 적용하고자 함. 또한, 조정대상지역 내 매입임대아파트를 공공부문에 2027년 1월 1일부터 2027년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 25(2억원 한도)를, 2028년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 15(1억원 한도)를 감면함(안 제97조의11 신설).