현행법은 「양식산업발전법」분법(′19년)이후, 「내수면어업법」의 적용 범위가 협소해지고, 동법제22조에 의거 「수산업법」및「수산자원관리법」을 준용하여 운영함에 따라 법 해석이 모호하여 지자체별로 다른 법 해석으로 민원이 발생하는 문제가 있음. 한편, 현행법에서는 어업허가의 변경이력을 담당자가 별도 수기 대장을 작성하여 관리하고 있어 오타 및 누락 등의 문제가 있으며, 허가 지위 승계에 관한 조항이 부재하여 실무에 혼선이 빚어지고 있고, 현행 허가ㆍ신고 업무 처리 일수가 5일로 명시되어 있는데, 이는 동법 제12조와 동법 시행규칙 제10조의2에 따라 면허ㆍ허가ㆍ신고 검토 시, 수면관리자와의 협의 기간이 14일 이내로 설정되어 있어서 정합성이 떨어지는 문제가 있음. 이에 내수면어업 허가대장관리, 어업허가의 지위승계 및 허가어업과 신고어업의 변경ㆍ폐업 등과 관한 사항을 신설하여 현장 실무에서의 혼선을 예방하고, 허가ㆍ신고 업무 처리 일수를 20일로 변경하여 행정 처리 기간을 현실화하기 위한 것임(안 제9조, 제9조의2 및 제9조의3, 제11조제3항).